Le débat autour d’une éventuelle référence à l’héritage chrétien de l’Europe dans le préambule de la Constitution européenne a détourné l’attention de certaines autres références à la religion dans le nouveau projet. La Charte des Droits Fondamentaux, qui constitue la partie II de la Constitution, contient quatre articles sur : la liberté de religion (art. 10) ; le droit des parents d'assurer l'éducation et l'enseignement de leurs enfants conformément à leurs convictions religieuses (art. 14) ; la non-discrimination fondée sur la religion (art. 21) ; le respect de la diversité religieuse (art. 22).
En outre, le paragraphe le plus important en termes de reconnaissance de la contribution de la foi religieuse à la société européenne moderne se trouve dans l’article 51 de la partie I. Celui-ci garantit le respect du statut dont bénéficient, en vertu du droit national, les Eglises et les associations ou communautés religieuses. «En reconnaissant leur identité et leur contribution spécifique», il demande à l’UE de maintenir «un dialogue ouvert, transparent et régulier, avec ces Eglises et organisations».
Une coalition d’«humanistes» belges, de «laïcistes» français, de «radicaux» italiens et d’ONG (allant de groupes catholiques dissidents à l’International Planned Parenthood Federation) arguent que l’article 51 ouvrirait une brèche dans la séparation entre Église et État en donnant aux Eglises une position privilégiée dans le processus décisionnel européen.
Les références à la religion dans le projet de Constitution constituent certainement une avancée majeure en comparaison avec les traités existants qui ne font référence aux relations Églises-États que dans une déclaration annexe. Mais la reconnaissance d'un droit au dialogue avec les institutions européennes pour les communautés religieuses comme pour le reste de la société civile (art. 46), ne menace en rien la séparation entre Église et État. La coalition a néanmoins raison sur un point : quelle que soit la décision des dirigeants européens concernant la référence au christianisme dans le préambule, c’est la référence à l’Église telle qu’elle existe aujourd’hui qui va déterminer comment les valeurs chrétiennes et les autres valeurs religieuses seront mises en œuvre dans la future Union Européenne.